Lozan’da ele alınan önemli konulardan birisi de, Hilafet gibi uluslararası bir etkiye sahip bulunan Patrikhane (Fener Rum Ortodoks Patrikhanesi) meselesiydi. Türk tarafı bir hıyanet ocağı olarak tavsif ettiği bu kurumun Türkiye’den çıkarılması taraftarıydı.

Türk heyeti müzakereler sırasında özetle, Patrikhane’nin Fatih’ten beri kendisine tanınan yetkileri, sonradan siyasal amaçlarla kullandığım, son savaşta da düşmanla işbirliği yaptığım ileri sürdü. Rıza Nur bu konunun müzakereleri sı­rasında alt komisyona yazılı bir bildiri de sundu. Türkiye bu bildiriyle, Patrikhane’nin çıkarılmasına gerekçe olarak, bu kurumun Türkiye’nin düşmanları lehine çalıştığı iddiasına ilaveten, Türkiye’deki rejim değişikliğini de ileri sürüyordu. Bildiride şu cümleler bulunuyordu:

“Müslüman olmayan toplulukların eski ayrıcalıkları teokra­tik bir monarşi olan Osmanlı İmparatorluğu’nun siyasal du­rumunun bir sonucu olduğundan, Halifelikle Devletin bir­birinden ayrılmasından, Sultanlığa son verilerek tam de­mokratik bir rejimin kurulmasından sonra, bu toplulukların başlarının salt ruhani bir sıfat dışında hiç bir hak ve ayrıca­lıktan yararlanamayacakları kendiliğinden anlaşılır. (…) Din özgürlüğü; İngiltere, Fransa, ABD, v.b. gibi öteki ülkelerde olduğu üzere, Türkiye’de çeşitli dinlere bağlı olanlara, din­sel isteklerine serbestçe gelişme olanağı sağlayacaktır. Yeni rejim, böylece, din adamları sınıfını salt din alanında kal­mağa zorlayarak, dine yeni bir atılım verecektir.

Şimdiye kadar siyasal bir organ olan Patrikliğin Türkiye dışına çı­kartılması gerekir; çünkü Patrikliğin ve ona organik olarak bağlı kuramların siyasal ayrıcalıklarına son verilmesiyle or­taya çıkacak yeni duruma uymasına, Patrikliğin eski davranışları imkân vermeyecektir. Din adamları sınıfının dünya işlerine ilişkin ayrıcalıklarının ortadan kaldırılması ve Pat­rikliğin Türkiye sınırı dışına çıkartılması Türkiye için bir zo­runluluk olduğu kadar, ilgili bulunan topluluk için de bir kurtuluş yoludur.”

Bu isteğe başta Yunanistan olmak üzere bütün İtilaf dev­letleri şiddetle karşı çıktı. Hatta, R. Nur’a göre tüm Hıristiyan âlemi Patrikhane’nin İstanbul’da kalması için seferber olmuş, konferansın kesileceği tehditleri, üç büyük devletin Anado­lu’ya ordular yollayacağı şayiaları yayılmıştı. Türkiye dışındaki, ABD dâhil bütün taraflar, Patrikhane’nin İstanbul’da kalmasını istiyordu. Bunlar, Türk tarafının ileri sürdüğü iddiaları, Patriğin ruhani konulara ve kilise yetkilerine son ve­rilmesi için bir neden olarak sayılamayacağını ileri sürüyor­lardı.

Şiddetli tartışmalar sonunda, Müttefik temsilci heyet­ten adına Lord Curzon, Patriklik kuruntunun ileride “siyasal niteliği ile yönetim alanındaki yetkilerinden” yoksun bırakılması ve gene İstanbul’da kalmakla birlikte “salt bir dini kurum” halini alması gerekeceğini, Müttefik Devletlerin ka­bul ettiklerini bildirdi. İsmet Paşa’nın, bu söylenilenleri “se­net” kabul ettiğini belirtmesi üzerine Patrikhane’nin İstanbul’da kalması kabul edildi. Ancak Curzon’un bu sözleri Antlaşmanın resmi metninde yer almamıştır. Bu şart zabıt­lara yazılmıştı. Antlaşma metninde özel olarak Patrikhane­den bahsedilmemekte, genel olarak, “Ekalliyetlerin Himayesi”nden bahseden bir fasıl bulunmaktadır.

Sonuç olarak Müslümanların evrensel bir kurumu olan Hilafet ilga edilirken, Ortodoksların evrensel kurumu olan Patrikhane kaldırılmamıştır. Bu da Lozan’daki başarısızlıklarımız hanesine yazılması gereken bir konudur…

Patrikhane konusunun antlaşma metninde açıkça yazıl­maması yüzünden günümüzde Patrikhanenin ekümeniklik söylemi tartışma konusu olmaktadır. Patrik kendisini tüm Ortodoksların ruhani lideri (Ekümenik Patrik) olarak gör­mektedir. Türkiye ise ekümeniklik iddiasını kabul etme­mektedir.

Müslümanlık dışındaki diğer dinlere ilişkin hizmetler Lo­zan Antlaşması hükümleri gereğince cemaatleri tarafından karşılanacaktır. Maarif Vekâleti, Lozan sonrasında, “Ecnebi mekteplerinde mabed dışındaki resim vb. şeylerin kaldırılması, bu okullardaki Müslüman ve başka mezhepten olanların dini ayinlere cebren ve bil-ihtiyar kabul edilmemeleri”ni içeren bir tamim yayınlamıştır.

Cemal Fedayi, Osmanlı’dan Cumhuriyet’e Nasıl Geçildi? , s. 142-144.